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vim /etc/my.cnf

[mysqld]

slow-query-log = on # 开启慢查询功能
slow_query_log_file = /usr/local/mysql/data/slow-query.log # 慢查询日志存放路径与名称
long_query_time = 5 # 查询时间超过5s的查询语句
### log-queries-not-using-indexes = on # 列出没有使用索引的查询语句

参考：

http://www.cnblogs.com/Richardzhu/p/3230221.html